第9章 學術自誇# 作者：未知 祁旻下線之後正喫着外賣，就聽到門口傳來一陣腳步聲，扭頭看見陳林友和王馨回來了。 兩個新生這回看到祁旻在實驗室，倒也不再拘束：“喲，師姐，喫外賣呢？” 她對於這種管自己實驗室老闆叫“師姐”的稱呼方式沒什麼意見，所以也應了一聲：“是啊，食堂那不是人多麼。” “真是，食堂太擠了。”王馨湊過來看了看祁旻碗裏的東西，“師姐，這是什麼呀？好喫麼？” 祁旻看了一眼小票：“這是叫……多蘭冒菜。還行吧，就是油有點兒大。” “那師姐，我們下午幹什麼呀？”王馨接着問道。 祁旻有些奇怪，她不都說了要學python麼？難道去喫個午飯就學完了？“你倆python看了沒？” “哦……那個呀……那不是去圖書館也能學嘛？”王馨有些迷惑地問道，“在實驗室沒有實驗了嗎？” “你們傳代的細胞要過夜生長之後才能看。”祁旻平和地說，“咱們生物信息學實驗室一般也不會整天整天地做溼實驗，處理數據和寫代碼還是有很多工作量的。” 她這麼說之後，兩個一年級學生就乖乖地回到自己的座位上python了。因爲都已經是讀博的人了，祁旻也就沒有再具體地給他們安排學習任務，只是發郵件告訴他們週日要開個小會，檢驗一下他們的語言學得怎麼樣了。 —— 之後祁旻又打開jupyter看了一眼，全尺寸類腦體的生成代碼一切正常，此時正在佔用“雨雲”中35%的計算資源。 祁旻的類腦體項目在“雨雲”超級計算中心使用計算資源是採用動態的分配方式，分配給她的計算資源理論上無上限，但卻要根據當時計算中心課題組使用“雨雲”的情況進行調整。雖然她是與周曉姍研究員合作，但“雨雲”總要優先滿足自己課題組的需求。 因此即使現在“雨雲”計算資源的總利用率還沒達到一半兒，但由於計算中心的課題組優先佔用了閒置資源，分配給類腦體項目的計算資源也只有這麼些。 當然35%的“雨雲”已經非常快了，真正在世界上能排得上名次的超級計算機還真不是大學裏自己的小玩意兒能比得了的。不過祁旻還是在想，或許她可以想辦法多要一點兒計算資源，這樣沒準兒在過年之前她就能把文章重新投出去。 祁旻正想着找個什麼理由跟周曉姍研究員提一下兒，彷彿是心有靈犀一般，微信上立刻就收到了柯櫟的消息。 “你的項目怎麼樣了？還需要我的號麼？”柯櫟在微信上問道。 祁旻有些奇怪他突然這麼問一句，也沒個前言後語，但轉念想怕不是他的rna結構預測算法又出了什麼問題，正需要她來“互相幫助”呢。 “周老師同意我用‘雨雲’了。”祁旻回覆道，又接着打字，“你不用跑代碼嗎？” 這回迴應她的是柯櫟的語音通話申請。 “怎麼了？”祁旻接起來問道，“rna結構預測算法出毛病了？” “唉，你都猜着了。”柯櫟有些不好意思地說，“其實也不是大事兒，就是……我拿公司做深度測序測出來的序列分析，發現了一些奇怪的結果。” “發給我看看。”祁旻說道。 柯櫟從微信上把他跑出來的一組奇怪結果發給祁旻，祁旻從電腦上打開壓縮包，看了一眼這十幾條序列，也沒瞧出個所以然來。 “這幾條怎麼了？”祁旻問道。 “你等會兒，我這兒正在給你髮結構預測結果。”柯櫟說道，“行了……你看這幾條玩意兒，怎麼長得這麼奇怪呢？” 祁旻點開他新發的壓縮包，打開了其中一條序列對應的預測結果圖。這rna的確長得夠怪，其實有一部分看起來好像還挺規則，但剩下的部分簡直像是壓根兒無法形成穩定二級結構一樣。 “你這是mrna吧？”祁旻問道，“你是不是忘了除mrna了？” “不會吧……我是用的別人trim好的數據。”柯櫟猶豫地說，“怎麼除mrna？” “你把序列map回基因組上，再把map到編碼區的部分都刪掉就行了。”祁旻說道。 “哦……”柯櫟似懂非懂地答應了一聲，又問道，“但我這個應該是已經除過mrna的數據了，rrna和trna也除過了。” 不是mrna又應該是有功能的rna，但是二級結構近乎無定形……祁旻突然想到：“你沒去內含子吧？” 真核生物存在rna的剪切，某些具有功能的rna在體內是剪切之後才能發揮作用的。這剪切之前的rna和剪切之後的rna二級結構當然會有所差異。 “你等等……”祁旻在jupyter上開了一個新py文件，導入柯櫟給她的這十幾條序列，用已有的基因mapping包把它們map到人類基因組上，果然發現其中好幾條都map到了同一位點上，只不過有的缺了這幾段兒，有點缺了那幾段兒，顯示出它們事實上是處於剪切過程不同階段的同一功能性rna的前體。 祁旻把結果發過去，柯櫟一下兒就看明白了：“哦……原來這都是前體啊。” 看來他雖然在信息學技術方面不太在行，但生物學的基礎還是有的。 “真太謝謝了……若不是你，我還真看不出來這到底哪兒出了問題。”柯櫟連忙道謝道，“對了……我這個結構預測佔不了多少計算資源，用實驗室自己的主機跑代碼也一樣，要不你把我的號也拿去用吧——我老闆對自己實驗室的人特大方，我們實驗室的號能優先用5%呢。” 5%這個數值聽起來不大，但對於“雨雲”的總計算能力而言，這也是相當可觀了。而且對於祁旻現在正在用的35%而言，5%也是七分之一呢。 “那我就大方用了。”祁旻笑着說道，“到時候我發了science，致謝裏得單給你另起一行。” “那是，要是我這個課題發了nature，肯定也得着重感謝你啊。”柯櫟也笑道，“禮尚往來嘛。” “要不你等我先發了science，你再發nature。”祁旻開玩笑道，“咱倆這文章發表時間稍微錯開點兒，免得媒體報道起來趕不上趟兒。” 一般人都是“學術互吹”，他們這個“學術自誇”還是挺讓人覺得新鮮。實驗室裏兩個一年級新生聽到祁旻這麼說，忍不住在一旁笑起來。 祁旻掛了微信通話，對正坐在自己位置上憋笑的陳林友和王馨開玩笑道：“你倆別嫉妒人家。我能不能發science先別說，你們在這實驗室好好幹，要是我真發了science，那肯定帶上你倆的名字。” “謝謝師姐！”兩個新來的博士生立刻點頭。 王馨還接着開玩笑道：“師姐你再說一遍，這我得錄下來做證明。” “做啥證明，我能直接給你寫個條兒，一目瞭然。”祁旻故意說道。 這聽起來很大方，實際上仔細想想，也不過是實驗室pi發文章帶上學生的常規操作。再說，畢竟陳林友和王馨這倆也算是她這個類腦體課題組的成員了，課題發文章肯定得帶上他倆。